山东大学黄河国家战略研究院的性质为依托科学技术研究院的学校直属科研机构。
山东大学党委书记任友群兼任黄河国家战略研究院院长，邢占军任执行院长，余东华、王仁卿、江恩慧任副院长，王焕杨、王彦伟兼任副院长，谢江宁任专职副院长。
