黄河国家战略研究院共设十个中心，各中心主要任务是：深入贯彻新发展理念，坚持“小中心、大协同”模式，按照平台共建、优势互补、协同创新、成果共享的原则，围绕《黄河流域生态保护和高质量发展规划纲要》内容，着力搭建跨学科、跨领域、跨地区、跨行业、跨部门协同创新平台，吸引整合海内外研究人才和资源，开创黄河流域生态保护和高质量发展科技智库新局面。
